東漢初年，匈奴徹底分裂為南北二部。這是匈奴史上的一個(gè)轉(zhuǎn)折點(diǎn)。
建武二十二年（46年），匈奴單于輿死，匈奴貴族為爭奪單于之位又鬧了起來。單于弟、左賢王蒲奴繼位，而一直在覬覦單于位的右奧鍵日逐王比，因不得立，憤恨不已。比是呼韓邪單于之孫、烏珠留單于之子，駐牧在匈奴的南部。這時(shí)，匈奴中連年發(fā)生嚴(yán)重的旱、蝗災(zāi)害，赤地千里，草木枯槁，人、畜疫病流行，死亡過半。蒲奴派遣使者向東漢請求和親，希望得到東漢朝廷的援助。同年，比秘密地派漢人郭衡奉獻(xiàn)匈奴地圖給朝廷；次年，則向東漢請求內(nèi)附。二十四年（48年）春天，匈奴南邊八位部落大人商議，準(zhǔn)備擁戴右奧鍵日逐王比為單于，并且到五原塞向守衛(wèi)邊塞的漢將官表示，愿意永遠(yuǎn)作朝廷的藩屏，抗御北方的敵人。漢光武帝得報(bào)后，欣然同意。這年冬天，比便自立為單于，并襲用其祖父的稱號，也叫呼韓邪單于。這部分由呼韓邪單于比率領(lǐng)內(nèi)附的匈奴有四五萬人，是為南匈奴。
東漢幫助南匈奴在五原西部塞80里處建立了單于庭，在經(jīng)濟(jì)上給予南匈奴大力支持，賜給他們的糧食、衣料、牛羊數(shù)以萬計(jì)，后來，南單于徙居西河郡美稷縣，而南匈奴各部落分布到五原、云中、定襄、雁門、代郡等地（即今隴東、內(nèi)蒙古河套、沿舊長城以北及晉北、冀北一帶）游牧。
南匈奴和東漢長期保持著友好關(guān)系，南單于每年正月都要派遣他的兒子到洛陽祝賀，拜謁陵廟。朝廷照例要贈(zèng)送大批的物品，所謂“歲時(shí)賞賜，動(dòng)輒億萬”。邊境的安定既有利于東漢，也同樣有利于南匈奴。南匈奴在和平的環(huán)境中，部落繁盛，人口增長很快，生產(chǎn)力迅速發(fā)展。
當(dāng)南匈奴內(nèi)附的時(shí)候，北匈奴在漠南已經(jīng)很難立足。為了緩和與東漢的關(guān)系，北單于一再表示愿意與漢和親通使，漢廷態(tài)度冷淡。司徒班彪上奏說：“臣以為北單于貢獻(xiàn)越重，實(shí)際上越虛弱；要求和親的次數(shù)越多，說明他越恐懼。”班彪主張堅(jiān)持羈縻的方針，并為朝廷草擬詔答之文，其中說：“單于連連發(fā)生兵亂，國內(nèi)虛耗，貢物只要符合禮節(jié)就行，何必獻(xiàn)上珍貴的馬裘？”文中不無譏刺之意。北匈奴沒有達(dá)到目的，便又侵?jǐn)_河西。于是，東漢聯(lián)合南匈奴、鮮卑、烏桓出兵討伐，北匈奴左支右絀，眾叛親離。這時(shí)，丁零和西域諸國也對北匈奴發(fā)起攻擊。建初八年（83年），北匈奴所屬三木樓訾部落大人率眾近4萬人至五原塞內(nèi)附；元和二年（85年），又有北匈奴部落大人車?yán)帽燃娂娞油鋈肴�，先后�?3批之多。北單于只得退出漠南，遠(yuǎn)引北去。章和元年（87年），鮮卑進(jìn)入匈奴左地攻擊北匈奴，殺北單于優(yōu)留，大獲全勝。屈蘭、儲(chǔ)卑、胡都須等58部、20萬人，到云中、五原、朔方、北地投降東漢。漠北大亂，加上連年遭受饑饉和蝗災(zāi)，北匈奴猶如雪上加霜，南下附漢者接踵而至。永元元年（89年），東漢派將領(lǐng)與南單于聯(lián)兵分三路征伐北匈奴，在稽落山（今漠北西北部額布根山）大敗北單于，北單于遁走，北匈奴81部、20多萬人歸附東漢。此后東漢連續(xù)出兵北伐北匈奴，直到永元三年（91年），北匈奴單于狼狽西遁。從此以后，除了零散留在漠北、后來融合到鮮卑中的10多萬匈奴人以外，大漠南北再也不存在獨(dú)立的匈奴族體了。
內(nèi)附的匈奴人的進(jìn)一步南遷，是在東漢永和五年（140年）的時(shí)候。是年，南匈奴發(fā)生動(dòng)亂，左部句龍王吾斯和右賢王互相勾結(jié)，聯(lián)兵圍攻西河美稷；又唆使烏桓、羌人，一起騷擾并、涼、幽、冀四州，邊境一時(shí)不得安寧。東漢朝廷不得不把原治平定（今內(nèi)蒙古東勝東南）的西河郡治遷到離石（今山西離石），于是南匈奴單于庭也隨著遷到離石左國城（今山西離石北）。同時(shí)，原治膚施（今陜西榆林東南）的上郡郡治遷到夏陽（今陜西韓城南），原治臨戎（今內(nèi)蒙古噔口北）的朔方郡治遷到五原（今內(nèi)蒙古包頭北）。這樣，居住在這些郡的少數(shù)民族也都一股腦兒地遷進(jìn)內(nèi)地了。其中，尤以遷進(jìn)并州的為多，汾水流域各地，到處有匈奴人的部落，也有羯人、鮮卑人聚居的村落，從而極大的改變了這一地區(qū)漢族與少數(shù)民族人口的比例。
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